答：《財政部 稅務總局關于簡并增值稅稅率有關政策的通知》（財稅[2017]37號）第二條規定，納稅人購進農產品,從按照簡易計稅方法依照3%征收率計算繳納增值稅的小規模納稅人取得增值稅專用發票的，以增值稅專用發票上注明的金額和11%的扣除率計算進項稅額，納稅人購進用于生產銷售或委托受托加工17%稅率貨物的農產品除外。

《財政部 稅務總局關于調整增值稅稅率的通知》（財稅[2018]32號）規定，自2018年5月1日起納稅人購進農產品，原適用11%扣除率的，扣除率調整為10%，納稅人購進用于生產銷售或委托加工16%稅率貨物的農產品，按照12%的扣除率計算進項稅額。

所以，你公司購買農產品取得3%的增值稅專用發票，不是按專用發票上注明的進項稅額認證抵扣，而是按取得專用發票上注明的金額5000元和10%的扣除率計算進項稅額進行抵扣。